Innerhalb der Biofilmschicht sind die Keime weitestgehend geschützt. Um sie wirkungsvoll zu bekämpfen, müssen Leitungen, Tränken und Vorlaufbehälter regelmäßig gereinigt und desinfiziert werden. Dazu gibt es verschiedene Methoden, die unterschiedliche Zwecke erfüllen, zum Beispiel:
1. Impulsspülung
Bei sehr starken Ablagerungen ist es sinnvoll, die Tränkleitungen mit einem Impulsspülgerät zu reinigen. Hierbei werden abwechselnd Wasser- und Luftimpulse durch die Leitung geschossen. Das Verwirbeln der Elemente erzielt eine gute Reinigungswirkung und löst auch hartnäckige Ablagerungen.
2. Automatische Spülung
Besonders für Aufzuchtbetriebe empfiehlt sich die automatische Spülung der Tränkwasserleitungen, bei der abgestandenes Wasser durch frisches ersetzt wird. Die automatische Spülung kann vorbeugend eingesetzt werden und mehrmals täglich laufen. Das bietet sich zum Beispiel in den Sommermonaten an, wenn aufgewärmtes Wasser ausgetauscht werden soll. Eine automatische Spülung ist auch nach Vitamingaben oder Impfungen angebracht, um die Leitungen frei von Rückständen zu bekommen.
3. Reinigung mittels elektromagnetischer Wellen oder Ultraschall
Die Reinigung mittels elektromagnetischer Wellen beziehungsweise Schallwellen soll verhindern, dass sich Ablagerungen jeglicher Art an den Innenseiten von Wasserleitungen anheften.
4. Saure und basische Reiniger
Eine einfache Möglichkeit der Reinigung sind saure und basische Reiniger. Während die sauren Reiniger mineralische Ablagerungen (Kalk, Eisen, Mangan) entfernen, lösen die basischen Reiniger organische Verunreinigungen (Fette, Eiweiße). Beide Reiniger werden nacheinander in die Leitungen dosiert, wirken ein und werden ausgespült.